醫(yī)院的污水，除一般生活污水外，還含有化學物質、放射性廢水和病原體。因此，必須經過處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來的污水，須經消毒后才可排放。無集中式的醫(yī)院污水處理設備，對有傳染性的糞便，必須單獨消毒使其無害化。常用消毒劑有漂白粉、液氯、次氯酸鈉、臭氧。對含放射性同位素的污水，應按同位素處理要求處理。醫(yī)院污水在處理過程中，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒(常用熟石灰消毒)或高溫堆肥后方可用作肥料。

原因醫(yī)院污水處理設備不達標一直是危害環(huán)境的重要因素。經過有關部門長期調查研究顯現(xiàn)醫(yī)院污水處理不徹底主要有下列因素：

1.分類廢水所使用藥劑為了減低成本都是有很強針對性。從而造成各分類廢水處理良好，綜合水還是處理不達標。
2.為水質清澈和降低成本使用大量石灰。但是卻產生大量污泥，往往廢水處理成本中30%---40%是處理污泥所產生。
3.來水PH值變化大，反應池PH控制不穩(wěn)定。PH不穩(wěn)定造成沉淀池渾濁。出水水質也跟著不穩(wěn)定，時好時壞。

4.水處理人員責任心不強，操作不夠細心，不注重細節(jié)。比如：來水有問題，不及時停機進行應急處理。各種儀表、探頭不經常校正清洗。配制藥品濃度不按工藝要求配制，為了省事，私自把濃度提高。

5.表面處理行業(yè)的產品進行表面處理前，必須先經過大量的前處理，這其中使用的除油粉里含有乳化劑，而大量的乳化劑不但影響COD的含量，而且影響沉淀池的礬花絮凝，成泥不理想，致使沉淀不好，大量懸浮物跟隨上層清水流出沉淀池，在PH回調的時候重新溶解進水里，結果造成排放口重金屬離子超標。