較初發酵的中層糞液通過糞管流向第二格，第二格經發酵、分解、沉淀后溢流至第三格，第三格經沉淀、過濾后流向下水道。正是這種分割發酵的原理使得清理化糞池變得危險。池內沼氣易燃易爆，操作前應充分散發，周圍不得有明火。吸糞時避免弄臟工作場地和路人的衣服。蓋子打開后，要有人看管，蓋子要清理干凈，防止行人掉入。正式清理化糞池。勾開化糞池蓋板15分鐘，將吸糞車開到作業現場，將吸糞管放入化糞池內，然后用鏟子攪拌化糞池內的糞便結塊層，邊攪拌邊排水，啟動吸糞車開關，將糞便吸出，直至將化糞池內的硬塊吸走，蓋好化糞池蓋板，用清水沖洗作業現場。但是也不排除一些特殊的困難情況，需要人工清理，所以清理化糞池的每一個工作者都是非常困難和偉大的。

化糞池是人們日常生活中不可或缺的一部分，卻很少出現在大家的視野中。化糞池清理過程可能會讓人覺得不舒服，但是化糞池清理在知道其重要性的人眼里一直不敢拖延。無論是工廠、酒店、單位、小區還是居民樓，化糞池清理都是要做的。隨著時代的發展，化糞池清理已經脫離了過去的手動清理模式。各種設備都可以用機器直接清理，池內的糞便污水都可以用干濕分離處理好。每次都是用吸糞車、水桶、攪糞棒等工具，清理池中的水管。這些東西很重要。雖然不需要全部手動清理，但是有些做不好的機器需要手動補。

在分解糞便的過程中，有一定的除臭作用。大大減少了勞動力，節約了成本，是一種天然環保的高科技方法。化糞池處理的時候肯定是要有工作人員來清的，很危險，處理起來也不容易。即使現在有大規模的治療機，但還是有一些弊端。比如有的化糞池安裝在狹窄的過道里，機械設備根本進不去，用不了。專業人士認為，與其使用傳統的清潔技術，不如嘗試現代高科技技術。生物肥劑可以分解糞便，液化有機物，有一定的除異味作用。使用效果很好，可以幫助用戶徹底解決清理化糞池的問題。如果有高科技的技術，解決問題更簡單方便，那么就可以替代傳統的清潔方式。