較初發酵的中層糞液通過糞管流向第二格，第二格經發酵、分解、沉淀后溢流至第三格，第三格經沉淀、過濾后流向下水道。正是這種分割發酵的原理使得清理化糞池變得危險。池內沼氣易燃易爆，操作前應充分散發，周圍不得有明火。吸糞時避免弄臟工作場地和路人的衣服。蓋子打開后，要有人看管，蓋子要清理干凈，防止行人掉入。正式清理化糞池。勾開化糞池蓋板15分鐘，將吸糞車開到作業現場，將吸糞管放入化糞池內，然后用鏟子攪拌化糞池內的糞便結塊層，邊攪拌邊排水，啟動吸糞車開關，將糞便吸出，直至將化糞池內的硬塊吸走，蓋好化糞池蓋板，用清水沖洗作業現場。但是也不排除一些特殊的困難情況，需要人工清理，所以清理化糞池的每一個工作者都是非常困難和偉大的。

注意通風:在清掏化糞池之前，打開井蓋，用鼓風機或排氣扇對化糞池進行通風，盡量保持15分鐘以上。需要注意的是，不要在井邊檢查池內的空氣:下井清洗前，用儀器檢查是否有有毒氣體。確定沒有問題后，戴好防護口罩，系好安全繩，使用安全照明工具。遇到意外，不要輕易下井:如果在化糞池清理作業過程中遇到意外，不要盲目下井救援。立即報警求助，以免造成更大傷亡。吸煙或使用明火。1.進入化糞池的人必須戴防毒口罩，穿防護服，還要系安全帶。一根能承重100kg以上的繩子要綁在安全帶上，繩子的另一端要綁在化糞池外裸露的梯子上。2.化糞池上方必須有兩三個人，隨時留意化糞池內的情況。下面有不對的地方，拉起清掏化糞池的五線譜。3.化糞池一般有三個井蓋，每個井蓋有兩個小洞。我們必須每隔半小時或一小時打開每個井蓋上的小洞。

化糞池分為磚砌化糞池和玻璃鋼化糞池。污泥將按期清理外運、掩埋或用作肥料。污水進入化糞池沉淀12 ~ 24小時后，可去除50%~60%的懸浮物。生活污水中含有大量的糞便、紙屑和致病昆蟲。懸浮物濃度為100~350mg/L，有機物BOD5濃度約為100~400mg/L，其中懸浮有機物BOD5濃度為50 ~ 200 mg/L，沉降污泥經過3個多月的厭氧消化，污泥中的有機物分解為非混沌的無機物，易腐的原污泥轉化為非混沌的熟污泥，改變了污泥的結構，降低了污泥和沉積物的含水量。